このリポジトリは、「DNA情報で生態系を読み解く」（東樹 宏和 著）で紹介されている解析を再現するためのコードを提供します。

This repository provides code for replicating (some) of the analyses in “DNA joho de seitai wo yomitoku” by Hirokazu Toju.

このプロジェクトはtargetsでワークフロー管理を行なっています。

下の準備が終わったら、Rで以下のコマンドを実行するとワークフローが自動的に実行されます：

targets::tar_make()

解析が全て無事に終了したら、report.pdfという結果や図が入っているリポートファイルが出力されます。

targets::tar_make()が終わったら、_targets.Rに記述されているtarget（ワークフローの途中結果）を読み込むことができる。

例えば、各分類階級に同定された微生物の結果をこのように確認できます：

source("_targets.R") # このワークフローが使うパッケージと関数をロードする
tar_load(taxonomy_rank_count)

taxonomy_rank_count

# A tibble: 7 × 2
  rank        n
  <chr>   <int>
1 kingdom  5648
2 phylum   3129
3 class    2749
4 order    2524
5 family   2127
6 genus    1827
7 species  1088

1. RStudio の File メニューから New Project を選択して、次に Version Control を選択します。
   
2. Git を選択します。
   
3. Repository URLに https://github.com/joelnitta/seitai-yomitoku-targets/、Project directory name にseitai-yomitoku、Create project as subdirectory of に任意のフォルダー（Desktopがおすすめ）を入力します。
4. Create project ボタンを押します。
5. データをダウンロードする

使用するデータファイルは以下の2つです：

There are two data files:

• otu_table.txt
• plants.csv

これらのファイルはGoogle Drive（現在アクセスが限定されています）からダウンロードしてください。
ダウンロード後、data/ディレクトリ内に配置してください。

Download these from Google Drive (currently, access is restricted) and put them in the data/ folder.

seitai-yomitoku is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

seitai-yomitokuは、Creative Commons Attribution 4.0 International Licenseの下でライセンスされています。