PAMS是一个基于Electron + Vue.js + Node.js的桌面应用程序，专为CDC实验室细菌基因组管理设计。

• 操作系统: Windows 10+, macOS 10.15+, Ubuntu 18.04+
• 内存: 4GB RAM (推荐8GB)
• 存储空间: 1GB可用空间
• 其他: 无需安装额外依赖，应用自包含

• Node.js: 16.x 或更高版本
• npm: 8.x 或更高版本
• Git: 最新版本
• 操作系统: Windows 10+, macOS 10.15+, Ubuntu 18.04+

1. 下载最新版本的 PAMS-Setup-x.x.x.exe
2. 双击安装包，按照向导完成安装
3. 从开始菜单或桌面启动PAMS

1. 下载最新版本的 PAMS-x.x.x.dmg
2. 双击DMG文件，将PAMS拖拽到Applications文件夹
3. 从启动台或Applications文件夹启动PAMS
4. 如遇安全提示，请在系统偏好设置 > 安全性与隐私中允许运行

1. 下载最新版本的 PAMS-x.x.x.AppImage
2. 添加执行权限：chmod +x PAMS-x.x.x.AppImage
3. 双击或命令行运行：./PAMS-x.x.x.AppImage

git clone https://github.com/indexofire/pams.git
cd pams

npm install

cd frontend
npm install
cd ..

# 检查Node.js版本
node --version  # 应该显示 v16.x.x 或更高

# 检查npm版本
npm --version   # 应该显示 8.x.x 或更高

# 启动前端开发服务器和Electron应用
npm run dev

这将会：

1. 启动Vue.js开发服务器 (http://localhost:8080)
2. 等待前端服务启动完成
3. 自动启动Electron应用

# 仅启动前端开发服务器
npm run serve

# 仅启动Electron应用（需要前端服务已运行）
npm run electron

# 构建前端资源
npm run build

# 构建并打包为安装程序
npm run dist

生成的安装包位于 dist/ 目录：

• Windows: PAMS Setup x.x.x.exe
• macOS: PAMS-x.x.x.dmg
• Linux: PAMS-x.x.x.AppImage

# 仅打包Windows版本
npm run electron-pack -- --win

# 仅打包macOS版本
npm run electron-pack -- --mac

# 仅打包Linux版本
npm run electron-pack -- --linux

PAMS依赖以下外部生物信息学工具进行基因组分析：

• Prokka: 基因组注释
• MLST: 多位点序列分型
• ABRicate: 抗性和毒力基因检测
• Snippy: SNP检测

# 创建专用环境
conda create -n pams-tools python=3.8

# 激活环境
conda activate pams-tools

# 安装工具
conda install -c bioconda prokka mlst abricate snippy

在PAMS应用中：

1. 打开 设置 > 工具配置
2. 设置各工具的可执行文件路径
3. 测试工具是否正常运行

默认搜索路径：

• /usr/local/bin/
• /opt/conda/envs/pams-tools/bin/
• $PATH 环境变量

PAMS使用SQLite数据库，无需额外配置：

• 数据库文件: 自动创建在用户数据目录
  • Windows: %APPDATA%/pams/pams.db
  • macOS: ~/Library/Application Support/pams/pams.db
  • Linux: ~/.config/pams/pams.db

定期备份数据库文件即可保存所有数据：

# Linux/macOS
cp ~/.config/pams/pams.db /path/to/backup/

# Windows
copy "%APPDATA%\pams\pams.db" "C:\path\to\backup\"

# 清除node_modules重新安装
rm -rf node_modules frontend/node_modules
npm install
cd frontend && npm install && cd ..

# 检查端口是否被占用
lsof -i :8080  # macOS/Linux
netstat -ano | findstr :8080  # Windows

# 使用不同端口
cd frontend
npm run serve -- --port 8081

• 检查用户数据目录的写入权限
• 确保没有其他PAMS实例在运行
• 删除数据库文件重新创建（将丢失数据）

1. 确认工具已正确安装
2. 检查工具是否在PATH中：which prokka
3. 在PAMS设置中手动指定工具路径

# 清理构建缓存
npm run clean  # 如果有这个脚本
rm -rf dist/

# 重新安装打包依赖
npm install electron-builder --save-dev

• Electron开发者工具会自动打开
• 控制台日志显示应用运行状态
• 数据库操作日志输出到终端

• 日志文件位置：
  • Windows: %APPDATA%/pams/logs/
  • macOS: ~/Library/Logs/pams/
  • Linux: ~/.config/pams/logs/

# 设置环境变量
export NODE_ENV=development
export DEBUG=pams:*

• 项目主页
• 用户手册
• 问题反馈
• 开发者文档

PAMS会自动检查新版本（需要网络连接）

1. 下载最新版本安装包
2. 关闭当前PAMS应用
3. 安装新版本（会保留用户数据）
4. 重新启动应用

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